MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D-EC plasmid pCTDEC1

Total Repeats: 152

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017435	AC	4	8	82	89	50 %	0 %	0 %	50 %	385244079
2	NC_017435	GA	3	6	101	106	50 %	0 %	50 %	0 %	385244079
3	NC_017435	TTG	2	6	249	254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244079
4	NC_017435	T	7	7	375	381	0 %	100 %	0 %	0 %	385244079
5	NC_017435	A	6	6	409	414	100 %	0 %	0 %	0 %	385244079
6	NC_017435	CAAT	2	8	468	475	50 %	25 %	0 %	25 %	385244079
7	NC_017435	A	8	8	520	527	100 %	0 %	0 %	0 %	385244079
8	NC_017435	A	6	6	580	585	100 %	0 %	0 %	0 %	385244079
9	NC_017435	AT	3	6	626	631	50 %	50 %	0 %	0 %	385244079
10	NC_017435	T	6	6	845	850	0 %	100 %	0 %	0 %	385244079
11	NC_017435	TGT	2	6	1207	1212	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244080
12	NC_017435	AGA	2	6	1213	1218	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244080
13	NC_017435	AGG	2	6	1229	1234	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244080
14	NC_017435	ATG	2	6	1255	1260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244080
15	NC_017435	TTC	2	6	1297	1302	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244080
16	NC_017435	TATC	2	8	1316	1323	25 %	50 %	0 %	25 %	385244080
17	NC_017435	GAAG	2	8	1351	1358	50 %	0 %	50 %	0 %	385244080
18	NC_017435	AT	3	6	1459	1464	50 %	50 %	0 %	0 %	385244080
19	NC_017435	TTGG	2	8	1506	1513	0 %	50 %	50 %	0 %	385244080
20	NC_017435	AGA	2	6	1557	1562	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244080
21	NC_017435	AACT	2	8	1575	1582	50 %	25 %	0 %	25 %	385244080
22	NC_017435	GTT	2	6	1600	1605	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244080
23	NC_017435	GAG	2	6	1606	1611	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244080
24	NC_017435	T	6	6	1649	1654	0 %	100 %	0 %	0 %	385244080
25	NC_017435	AAG	2	6	1662	1667	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244080
26	NC_017435	TCT	2	6	1726	1731	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244080
27	NC_017435	TTC	2	6	1740	1745	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244080
28	NC_017435	AAT	2	6	1774	1779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244080
29	NC_017435	GGAA	2	8	1833	1840	50 %	0 %	50 %	0 %	385244080
30	NC_017435	TCT	2	6	1844	1849	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244080
31	NC_017435	T	8	8	1876	1883	0 %	100 %	0 %	0 %	385244080
32	NC_017435	A	6	6	1884	1889	100 %	0 %	0 %	0 %	385244080
33	NC_017435	CTT	2	6	1898	1903	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244080
34	NC_017435	T	7	7	1902	1908	0 %	100 %	0 %	0 %	385244080
35	NC_017435	TCT	2	6	1995	2000	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244081
36	NC_017435	TCT	2	6	2037	2042	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244081
37	NC_017435	AAG	2	6	2045	2050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244081
38	NC_017435	GA	3	6	2060	2065	50 %	0 %	50 %	0 %	385244081
39	NC_017435	CGA	2	6	2073	2078	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244081
40	NC_017435	A	6	6	2089	2094	100 %	0 %	0 %	0 %	385244081
41	NC_017435	TA	3	6	2126	2131	50 %	50 %	0 %	0 %	385244081
42	NC_017435	ATC	2	6	2153	2158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244081
43	NC_017435	TTC	3	9	2189	2197	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244081
44	NC_017435	CCGA	2	8	2205	2212	25 %	0 %	25 %	50 %	385244081
45	NC_017435	TAGAA	2	10	2243	2252	60 %	20 %	20 %	0 %	385244081
46	NC_017435	AATT	2	8	2276	2283	50 %	50 %	0 %	0 %	385244081
47	NC_017435	CAA	2	6	2293	2298	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244081
48	NC_017435	CTT	2	6	2302	2307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244081
49	NC_017435	CTAGG	2	10	2320	2329	20 %	20 %	40 %	20 %	385244081
50	NC_017435	TAT	2	6	2339	2344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244081
51	NC_017435	GTT	2	6	2393	2398	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244081
52	NC_017435	ATG	2	6	2446	2451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244081
53	NC_017435	T	7	7	2474	2480	0 %	100 %	0 %	0 %	385244081
54	NC_017435	TGAT	2	8	2491	2498	25 %	50 %	25 %	0 %	385244081
55	NC_017435	AGA	2	6	2570	2575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244081
56	NC_017435	T	6	6	2612	2617	0 %	100 %	0 %	0 %	385244081
57	NC_017435	GTT	2	6	2661	2666	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244081
58	NC_017435	TCC	2	6	2675	2680	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385244081
59	NC_017435	A	6	6	2692	2697	100 %	0 %	0 %	0 %	385244081
60	NC_017435	T	6	6	2793	2798	0 %	100 %	0 %	0 %	385244082
61	NC_017435	AAT	2	6	2847	2852	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244082
62	NC_017435	TTG	2	6	2870	2875	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244082
63	NC_017435	T	6	6	2987	2992	0 %	100 %	0 %	0 %	385244082
64	NC_017435	TAA	2	6	3010	3015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244082
65	NC_017435	CTTTT	2	10	3028	3037	0 %	80 %	0 %	20 %	385244082
66	NC_017435	GTTT	2	8	3122	3129	0 %	75 %	25 %	0 %	385244083
67	NC_017435	A	6	6	3144	3149	100 %	0 %	0 %	0 %	385244083
68	NC_017435	GTT	2	6	3252	3257	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244083
69	NC_017435	TGA	2	6	3314	3319	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244083
70	NC_017435	AAC	2	6	3374	3379	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244083
71	NC_017435	GCC	2	6	3380	3385	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385244083
72	NC_017435	AAT	2	6	3401	3406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244083
73	NC_017435	CTG	2	6	3409	3414	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244083
74	NC_017435	TCC	2	6	3473	3478	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385244083
75	NC_017435	TAA	2	6	3479	3484	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244083
76	NC_017435	TTA	2	6	3528	3533	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244083
77	NC_017435	GTT	2	6	3545	3550	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244083
78	NC_017435	CAA	2	6	3560	3565	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244083
79	NC_017435	TGT	2	6	3581	3586	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244083
80	NC_017435	CAA	2	6	3619	3624	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244083
81	NC_017435	TGA	2	6	3725	3730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244083
82	NC_017435	ATT	2	6	3731	3736	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244083
83	NC_017435	ATT	2	6	3807	3812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244083
84	NC_017435	ATTA	2	8	3971	3978	50 %	50 %	0 %	0 %	385244084
85	NC_017435	TTC	2	6	4020	4025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244084
86	NC_017435	TTTA	2	8	4035	4042	25 %	75 %	0 %	0 %	385244084
87	NC_017435	T	6	6	4056	4061	0 %	100 %	0 %	0 %	385244084
88	NC_017435	AG	3	6	4062	4067	50 %	0 %	50 %	0 %	385244084
89	NC_017435	AGA	2	6	4071	4076	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244084
90	NC_017435	TCT	2	6	4098	4103	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244084
91	NC_017435	T	7	7	4160	4166	0 %	100 %	0 %	0 %	385244084
92	NC_017435	AT	3	6	4204	4209	50 %	50 %	0 %	0 %	385244084
93	NC_017435	TAACGT	2	12	4220	4231	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385244084
94	NC_017435	TAA	2	6	4233	4238	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244084
95	NC_017435	GCT	2	6	4291	4296	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244084
96	NC_017435	TCTATA	2	12	4483	4494	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385244084
97	NC_017435	TTC	2	6	4497	4502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244084
98	NC_017435	CTA	2	6	4565	4570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244084
99	NC_017435	CTT	2	6	4661	4666	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244084
100	NC_017435	ATCC	2	8	4759	4766	25 %	25 %	0 %	50 %	385244084
101	NC_017435	AAC	2	6	4800	4805	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244084
102	NC_017435	GCT	2	6	4855	4860	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244084
103	NC_017435	GAAA	2	8	4879	4886	75 %	0 %	25 %	0 %	385244084
104	NC_017435	TCT	2	6	4956	4961	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244084
105	NC_017435	TGA	2	6	4997	5002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244084
106	NC_017435	T	6	6	5030	5035	0 %	100 %	0 %	0 %	385244085
107	NC_017435	AGA	2	6	5129	5134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244085
108	NC_017435	TTCC	2	8	5138	5145	0 %	50 %	0 %	50 %	385244085
109	NC_017435	AAAC	2	8	5259	5266	75 %	0 %	0 %	25 %	385244085
110	NC_017435	AT	3	6	5311	5316	50 %	50 %	0 %	0 %	385244085
111	NC_017435	TCT	2	6	5397	5402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244085
112	NC_017435	ATTAA	2	10	5430	5439	60 %	40 %	0 %	0 %	385244085
113	NC_017435	CTT	2	6	5497	5502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244085
114	NC_017435	AAT	2	6	5511	5516	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244085
115	NC_017435	TCT	2	6	5517	5522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244085
116	NC_017435	AG	3	6	5525	5530	50 %	0 %	50 %	0 %	385244085
117	NC_017435	CAA	2	6	5575	5580	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244085
118	NC_017435	CAA	2	6	5587	5592	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244085
119	NC_017435	GCT	2	6	5703	5708	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244085
120	NC_017435	ATC	2	6	5747	5752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244085
121	NC_017435	AAAG	2	8	5783	5790	75 %	0 %	25 %	0 %	385244085
122	NC_017435	GCT	2	6	5811	5816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244085
123	NC_017435	T	8	8	5821	5828	0 %	100 %	0 %	0 %	385244085
124	NC_017435	AT	3	6	5863	5868	50 %	50 %	0 %	0 %	385244085
125	NC_017435	TTC	2	6	6026	6031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244085
126	NC_017435	AC	3	6	6038	6043	50 %	0 %	0 %	50 %	385244085
127	NC_017435	ATC	2	6	6050	6055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244085
128	NC_017435	CAT	2	6	6103	6108	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244085
129	NC_017435	ACG	2	6	6149	6154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244085
130	NC_017435	ATG	2	6	6239	6244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244085
131	NC_017435	AAC	2	6	6321	6326	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244085
132	NC_017435	GCA	2	6	6498	6503	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244086
133	NC_017435	TTA	2	6	6605	6610	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244086
134	NC_017435	CAA	2	6	6630	6635	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244086
135	NC_017435	T	6	6	6663	6668	0 %	100 %	0 %	0 %	385244086
136	NC_017435	TAATC	2	10	6735	6744	40 %	40 %	0 %	20 %	385244086
137	NC_017435	A	6	6	6757	6762	100 %	0 %	0 %	0 %	385244086
138	NC_017435	CTT	2	6	6779	6784	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244086
139	NC_017435	AGC	2	6	6810	6815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244086
140	NC_017435	T	6	6	6907	6912	0 %	100 %	0 %	0 %	385244086
141	NC_017435	TCCT	2	8	6964	6971	0 %	50 %	0 %	50 %	385244086
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.